A hitközség tagjainak buzgóságát jól jellemzi, hogy három év működés után már saját zsinagógával rendelkeztek. A közösség 1841. júliusában megvette Vitéz Ferenc Citrom utcai telkét és a rajta lévő házat zsinagóga céljára átalakították. Az avatási ünnepségre 5603. év Elul havának 20. napján (1843. szeptember 15-én), a szokásos péntek esti istentisztelet előtt került sor.
Az avatási ünnepségre Lőw főrabbi alkalmi imádságos könyvet  jelentett meg, amely 9 oldalon német, 6 oldalon héber szöveget tartalmazott. Ez a pécsi Lyceum Nyomdának az első és talán egyetlen héber nyelvű terméke.
A Zrínyi utcai imaházból baldachin alatt átvitték a Tórákat az új templom kapuja elé, közben a 122., 127., 132. és 134. zsoltárt énekelték. Az új templom kapujához érve a 24. zsoltárt énekelték el. Ezután körmenet alakult a rabbival, a kántorral és a hitközség vezetőivel, akik kezükben a tórákkal háromszor körbejárták a tórafelolvasó emelvényt, miközben a 30., 90. és 91 zsoltárból énekelték a kiválasztott részleteket. A reggeli imádság hálaadó részének elimádkozása után a szokásos liturgia mellett elhelyezték a Tórákat a frigyszekrényben, majd megtartották a délutáni imádságot. Ennek végeztével mondta el Löw rabbi a templom avatására biblikus héberséggel szerkesztett imádságát, melynek befejező szakasza magyar fordításban így szól:
“Jákob ivadéka pedig találjon tetszést és jóakaratot az emberek szemében, Királyunknak, hatalmasainak és tanácsosainak szíve legyen irgalmas irántuk, hogy jót cselekedjenek még továbbra is az olyannyira megtiport Izraellel, hadd lássák mind a népek, hogy néped iránti szeretetedből igazságos embereket engedsz felettük uralkodni s tégy jót azokkal, akik velünk jót tesznek. Izrael pedig hadd éljen biztonságban és nyugalomban lakozásának földjén, a Messiásnak még napjainkban való eljöveteléig, Ámen.”

Forrás: Schweitzer József – A Pécsi Izraelita Hitközség története,
Budapest, 1996, 23-37. oldal

1686 októberében a Ludwig Markgraf von Baden vezényelte osztrák császári seregek pár napos ostrom után elfoglalták Pécset.

Egykorú német metszet részlete Pécs 1686-os ostromáról

A török utáni első püspök, Radanay Mátyás Ignác (1687-1703), csak katolikusokat tűrt meg a városban. A más vallásúak vagy alávetették magukat annak, hogy megkeresztelje őket, vagy pár óra alatt el kellett hagyniuk a várost. A püspök esküt tetetett a polgárokkal, miszerint  ”…akár minémű néven nevezendő Római Apostoli szent hit ellen törekedőt és ellenkezőt állandó képpen közöttünk bé nem veszünk, és nem tartunk, és semmi képpen el nem szenvedjük.”

Ennek következménye, hogy csaknem  száz évig nem telepedhettek le Pécsett más vallásúak.

A Mária Terézia által adományozott városcímer

Mária Terézia 1780-ban Pécset a szabad királyi városok sorába emelte, a lakosság megszabadult a püspöktől, mint földes-urától. A latin nyelvű oklevél 1780. január 21-én közzétett szövegének negyedik pontjában, egy hosszú bevételi listában az olvasható, hogy ezek „a városban vagy a város területén időző zsidók és más nem polgárok taxáinak hasznával” együtt átadatnak Pécs szabad királyi város polgárainak.

Az oklevél 13. pontja ezt mondja: „Amint eddig minden nem igaz hithez tartozó ember a városban való letelepedéstől és polgárjog szerzéstől ki volt zárva, úgy a jövőben is érvényben marad a más-vallásúaknak ez a kizárása.” Azaz a városban továbbra is csak katolikus vallásúak telepedhettek le.

Baranya vármegye címere 1694-ből

Baranya Vármegye szintén nem tűrte meg a zsidókat, csak a 18. század utolsó harmadában nyílt meg az ide betelepülni kívánók előtt. A vidéki földbirtokosok  külön ú.n. „védelmi pénz” fizetése ellenében ekkor már megenged(het)ték  zsidók letelepedését a saját falvaikban, ha érdekeiknek ez épp megfelelt. A Helytartótanács 1783-ban megjelentette II. József rendeletét, amely lehetővé tette a zsidók szabad költözését (a bányavárosok kivételével), megengedte számukra az iskolalapítást, fölszabadította előttük a céhek által makacsul őrzött foglalkozásokat és megszüntette a megalázó jelek viselésének kötelezettségét az öltözetükön.
A rendelet megjelenése után rövidesen Jacob Mózes kért letelepedési engedélyt Pécsett. A város ezt – kell-e mondani – természetesen elutasította. 1785-benBachrach Lázár dohánykereskedő Hidasról nyújtott be letelepedési kérelmet. A városi tanács az ő beköltözéséhez sem járult hozzá, noha a pécsi királyi biztos, Széchenyi Ferenc, Bachrach beadványát támogatólag küldte tovább a városhoz.
Széchenyi megelégelte az uralkodó rendeletének ellenszegülő döntéseket, és a következő két kérelmezőnek, Weiszmayer Márknak és Fuchs Salamonnak a városi hatóság megkerülésével maga adott engedélyt a letelepedésre, rövid úton elutasítva a város utólagos tiltakozását.

Ezt követően majd két évtizedig nem költözött újabb zsidó a városba. 1807-ben már maga a város juttatta önszántából türelmi engedélyhez Lőwy Izraelt, aki vállalta, hogy cserébe katonai szolgálatot vállal a városért és  szükség esetén hadba vonul. A város tehát képes volt megfeledkezni a sokat és sokáig emlegetett esküjéről, ha érdeke épp összecsenget a zsidóéval. A “tolerált”  (megtűrt) státus egyébként igen becses volt a zsidók körében, mivel nemcsak végleges, hanem a fiú utódra átörökíthető volt. Pécsett az özvegyen maradt feleséget is tolerált személynek kezelték, amíg új házasságot nem kötött. Így Fuchs özvegye maradhatott a városban, míg Lőwy özvegyét és annak új férjét, miután a magisztrátus felszólítása ellenére nem hagyták el a várost, karhatalommal távolították el.

Forrás: Radnóti Ilona: A Pécsi zsidók története I.
In.: Pécsi Szemle, 1999. nyár, 11-19. oldal